비영리법인의 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 적용여부

요 지  

비영리내국법인이 비사업용토지를 양도하고 법인세법 제62조의2에 따라 자산양도 소득을 신고하는 경우로서 소득세법에 따른 가중된 세율이 적용되지 않은 경우에는 법인세법에 따라 토지 등 양도소득에 대한 추가납부 규정이 적용됨
 

 

답변내용 

비영리내국법인이 비사업용토지를 양도하고 법인세법 제62조의2에 따라 자산양도 소득을 신고하는 경우로서 소득세법 제104조 제4항에 규정된 가중된 세율이 적용되지 않은 경우에는 법인세법 제55조의2 제1항 제3호에 따라 토지 등 양도소득에 대한 추가납부 규정이 적용되는 것입니다. 끝.

 

 

 

[ 관련법령 ] 
법인세법 제55조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】
법인세법 제62조의2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】

 

 

 

1. 질의내용 

○ 비영리법인이 2013년 비사업용토지를 양도하고 자산양도소득에 대한 과세특례(법법§62.2)를 적용하여 신고하는 경우 「법인세법」 제52조의2 ‘토지 등 양도소득에 대한 과세특례’에 따라 30% 추가납부를 하여야 하는 것인지?

2. 사실관계 

○ 해당법인은 수익사업을 영위하지 않는 비영리법인으로, 2013.12. 보유 중인 비사업용토지(농지)를 양도하여 발생한 양도차익에 대해 「법인세법」 제62조의2 ‘비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례’를 적용하고자 함

 
3. 관련 법령 

○ 법인세법 제3조【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다. 

1. 각 사업연도의 소득 

2. 청산소득 

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등양도소득 

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것 

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

 

○ 법인세법 제55조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】(2013.1.1) 

① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 토지등 이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. 

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2012년 12월 31일까지양도한 경우에는 그 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액 

가. 「소득세법」 제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제2호에 따른 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 

나. 「소득세법」 제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제3호에 따른 비사업용 토지 

다. 그 밖에 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있어 부동산가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산

 

2. (생략)

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액(※ 2013.1.1.∼2013.12.31. 양도분에 대해서만 적용)

 

② 제1항제3호에서 비사업용 토지 란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. (개정 2013.1.1) 

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지 

⑧ 토지등을 2012년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제1항제2호 및 제3호를 적용하지 아니한다.

 

○ 법인세법 제60조【과세표준 등의 신고】 

① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지관할세무서장에게 신고하여야 한다.

 

○ 법인세법 제62조의2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】

① 비영리내국법인(제3조제3항제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조제3항제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 자산양도소득 이라 한다)이 있는 경우에는 제60조제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다. 

1. 「소득세법」 제94조제1항제3호에 해당하는 주식등과 대통령령으로 정하는 주식등 

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) 

3. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호의 자산

 

② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.

 

③ 제2항을 적용할 때 「소득세법」 제92조를 준용하여 계산한 과세표준은자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 양도가액 이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 양도차익 이라 한다)에서 「소득세법」 제95조제2항 및 제103조에 따른 금액을 공제하여 계산한다.

 

④ 제3항에 따른 양도가액, 필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여는 「소득세법」 제96조부터 제98조까지 및 제100조를 준용한다. (후단 생략)

 

⑤ 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여는 「소득세법」 제101조및 제102조를 준용하고, 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여는 같은 법 제93조를 준용한다.

 

⑥ 제2항에 따른 법인세의 과세표준에 대한 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관하여는 자산 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고·납부·결정·경정 및 징수한다. 이 경우 제76조제1항을 준용한다.

 

⑦ 제2항에 따라 계산한 법인세는 「소득세법」 제105조부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를하여야 한다. 이 경우 「소득세법」 제112조 및 제112조의2를 준용한다.

 

⑧ 비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 「소득세법」 제110조제4항 단서에 해당하는 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다.

 

○ 법인세법 제99조의2【비영리내국법인의 자산양도소득 과세특례】 

⑤ 비영리내국법인이 법 제62조의2 제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준예정신고 및 자진납부를 한 경우에도 법 제60조 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 할 수 있다. 이 경우 예정신고납부세액은 법 제64조의 규정에 의한 납부할 세액에서 이를 공제한다.(01.12.31. 신설) 

 

○ 소득세법 제92조【양도소득과세표준의 계산】 

① 거주자의 양도소득에 대한 과세표준(이하 “양도소득과세표준”이라한다)은 종합소득 및 퇴직소득에 대한 과세표준과 구분하여 계산한다. 

② 양도소득과세표준은 제94조부터 제99조까지, 제99조의2, 제100조부터 제102조까지 및 제118조에 따라 계산한 양도소득금액에서 제103조에 따른 양도소득 기본공제를 한 금액으로 한다.

 

○ 소득세법 제104조【양도소득세의 세율】 

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. (2009.12.31)

 

1. 제94조제1항제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 

제55조제1항에 따른 세율 

8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지 

양도소득 과세표준의 100분의 60

 

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2013년 12월 31일까지 양도한 경우에는 제6항을 적용할 때 제1항 제1호의 세율을 적용하지 아니하고 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용한다. (2013.1.1) 

1. 제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제1항제4호에따른 1세대3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 

2. 제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제1항제5호에 따른 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우의 해당 주택 

3. 제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제104조의3에 따른 비사업용 토지 

4. 그 밖에 부동산 가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 부동산 가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산

 

⑥ 제1항 제4호부터 제9호까지에 해당하는 자산을 2013년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 제1항 제4호부터 제9호까지에서 규정한 세율을 적용하지 아니하고 제1항 제1호에 따른 세율(해당 보유기간이 2년 미만인 자산은 제1항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다.(2013.1.1)

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