합병과세특례신청서 미제출시 적격합병에 따른 과세특례 적용 여부

＃ 법인, 서면-2017-법령해석법인-0910, 2018.02.21

 

[ 제 목 ]

합병과세특례신청서 미제출시 적격합병에 따른 과세특례 적용 여부

 

[ 질 의 ]

법인세법상 적격합병의 요건을 갖추었으나 합병과세특례신청서를 미제출한 경우에 적격합병에 따른 과세특례 적용이 가능한지 여부

 

 

A법인은 2016.8.1 발행주식총수를 소유하면서 100% 지배하고 있는 완전자회사인 B법인을 합병하였으며, 해당 합병은 법인세법 제44조 제3항 제1호 규정에 따라 적격합병에 따른 과세특례 적용대상에 해당하나 B법인은 2016.11.30. 법인세를 신고하면서 합병과세특례적용신청서 제출을 누락하였음

 

[ 회 신 ]

내국법인이 적격합병요건을 충족하는 경우에는 과세표준 신고기한 내 합병과세특례신청서를 제출하지 않은 경우에도 합병과세특례를 적용받을 수 있음

 

피합병법인이 합병등기일이 속하는 과세연도의 법인세를 신고하면서 과세표준 신고기한까지 합병과세특례신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하지 않았으나, 법인세법 제44조제3항제1호에 따른 적격합병 요건을 충족하면서 국세기본법 시행규칙 제12조 각 호의 모두에 해당하지 아니하는경우에는 법인세법 시행령 제80조제1항제1호에 따른 합병과세특례를 적용받을 수 있는 것임

 

＃ 법인세법 시행령 제80조 (합병에 따른 양도손익의 계산)

＃ 법인세법 제44조 (합병 시 피합병법인에 대한 과세)

① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액

2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 순자산 장부가액 이라 한다)

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병의 경우에는 제1항제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. <개정 2011.12.31>

1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 제외한다.

2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

③제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. <개정 2011.12.31, 2016.12.20>

1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우

2. 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우

 

＃ 법인세법 제44조의3 (적격 합병 시 합병법인에 대한 과세특례)

① 제44조제2항 또는 제3항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 합병법인은 제44조의2에도 불구하고 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.

⑥ 제1항을 적용받는 합병법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 합병으로 양도받은 자산에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 

＃ 법인세법 시행령 제80조 (합병에 따른 양도손익의 계산)

① 법 제44조제1항제1호에 따른 양도가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 적격합병의 경우: 법 제44조제1항제2호에 따른 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산장부가액

2. (생략)

③ 제1항제1호를 적용받으려는 피합병법인은 법 제60조에 따른 과세표준 신고를 할 때 합병법인과 함께 기획재정부령으로 정하는 합병과세특례신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.이 경우 합병법인은 제80조의4제10항에 따른 자산조정계정에 관한 명세서를 피합병법인의 납세지 관할 세무서장에게 함께 제출하여야 한다.

 

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합병과세특례 신청서/법인세법 시행규칙 [별지 제42호서식] <개정 2013.2.23> (tistory.com)