수정신고한 과소신고소득금액에 대하여 중소기업특별세액감면을 할수 있는지여부(기한신고? 수정신고? 각각다른지?)

 

※ 조특, 심사소득2003-0128 , 2003.07.14 , 인용

 

[ 제 목 ]

수정신고한 과소신고소득금액에 대하여 중소기업특별세액감면을 할수 있는지여부

 

[ 요 지 ]

과세관청이 결정 및 경정할 때나, 납세자가 기한후 신고하는 경우에는 중소기업에 대한 특별세액감면이 배제되나, 이건 심사청구의 경우와 같이 수정신고의 경우에는 감면배제 규정에 해당하지 아니한다 할 것임.

 

[ 결정내용 ]

결정 내용은 붙임과 같습니다.

 

※ 조세특례제한법 제7조 (중소기업에 대한 특별세액감면)

※ 조세특례제한법시행령 제6조 (중소기업에 대한 특별세액감면)

 

주문

○○세무서장이 2003. 02. 01. 청구인에게 결정고지한 2000년 과세연도 종합득세 2,971,630원은 이를 취소합니다.

 

이유

1. 처분개요

청구인 금형 등을 제조하는 중소제조업자로서, 2000년 과세연도 종합소득세 확정신고시 조세특례제한법 제7조의 규정에 의거 중소기업에 대한 특별세액감면 신고하였으나, 신고일 이후 매출신고 누락액 37,590,000원(이하 “과소신고금액”이라 한다)을 확인하고 2002. 01. 02. 종합소득세 수정신고하였으며, 이때 과소신고금액에 대하여 중소기업에 대한 특별세액감면규정을 적용하여 세액감면 신고하였다.

처분청은 수정신고한 과소신고금액이 조세특레제한법 제7조의  중소기업에 대한 특별세액감면  대상에 해당되지 않는 것으로 보아 과소신고금액에 대한 감면세액 2,276,245원(이하 “쟁점감면세액”이라 한다)을 감면배제하여 2003. 02. 01. 청구인에게 2000년 과세연도 종합소득세 2,971,630원을 경정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2003. 03. 31. 심사청구하였다.

 

2. 청구주장

2000년도 경리직원의 퇴사시 업무의 인수인계가 제대로 이루어지지 않아 일부매출이 착오로 신고누락되었으나, 이 같은 사실을 발견하고 2002. 01. 02. 국세기본법 제45조의 규정에 의하여 종합소득세 수정신고하였으며, 조세특례제한법 제128조의 감면배제 규정에서 보는 바와 같이 수정신고시 과소신고금액에 대하여 중소기업 특별세액감면을 배제한다는 규정이 없음에도, 처분청이 쟁점감면세액을 배제하여 과세한 이건 부과처분은 부당하므로 이를 취소하여야 한다.

 

3. 처분청 의견

종합소득세 수정신고시 과소신고금액에 대하여 중소기업특별세액감면을 추가감면하는 것은 조세특례제한법 제128조에 의거 감면배제에 해당하므로 쟁점감면세액을 감면배제한 이건 당초결정은 정당하다.

 

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

수정신고한 과소신고소득금액에 대하여 중소기업특별세액감면을 할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

 

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제7조 (중소기업에 대한 특별세액감면)

① 제조업, 광업, 건설업, 운수업(물류산업과 여객운송업을 말한다. 이하 이 조에서 같다), 어업, 도매업, 소매업, (...중략...)영위하는 중소기업에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각호의 구분에 의한 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다.

1. 대통령령이 정하는 수도권(이하 이 조에서 “수도권” 이라 한다)안에서 중소기업을 영위하는 내국인 중 대통령령이 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업” 이라 한다) : 100분의 20 (괄호생략)

② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다.

 

(2) 같은법 시행령 제6조 (중소기업에 대한 특별세액감면)

④ 법 제7조의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세를 감면받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다

 

(3) 같은법 제128조 (추계과세시 등의 감면배제)

 ① 소득세법 제80조 제3항 단서 또는 법인세법 제66조 제3항 단서의 규정에 의하여 추계를 하는 경우에는 제5조, 제7조의 2, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제24조 내지 제26조, 제62조 제1항ㆍ제2항, 제94조, 제101조, 제102조, 제123조 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)ㆍ제3항의 규정은 이를 적용하지 아니한다. 다만, 추계를 하는 경우에도 제5조ㆍ제26조ㆍ제101조 및 제102조(투자세액공제의 경우에는 투자에 관한 증빙서류를 제출하는 경우에 한한다)의 규정은 거주자에 한하여 이를 적용한다.

② 소득세법 제80조 제1항 또는 법인세법 제66조 제1항의 규정에 의하여 결정을 하는 경우와 국세기본법 제45조의 3의 규정에 의하여 기한후 신고를 하는 경우에는 제6조, 제7조, 제12조 제1항, 제31조 제4항ㆍ제5항, 제34조, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조, 제66조 내지 제68조, 제95조, 제101조 제102조 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조의 규정을 적용하지 아니한다.

③ 소득세법 제80조 제2항 또는 법인세법 제66조 제2항의 규정에 의하여 경정을 하는 경우에는 대통령령이 정하는 과소신고금액에 대하여 제6조, 제7조, 제12조 제1항, 제31조 제4항ㆍ제5항, 제34조, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조, 제66조 내지 제68조, 제95조 제101조, 제102조 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조의 규정을 적용하지 아니한다.

 

(4) 국세기본법 제45조 (수정신고)

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때

 

(5) 같은법 제45조의 3 (기한후 신고)

① 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자로서 세법에 의하여 납부하여야 할 세액(세법에 의한 가산세를 제외한다)이 있는자는 관할세무서장이 세법에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정하여 통지하기 전까지 기한후 과세표준신고서를 제출할 수 있다. (단서생략)

 

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 금형 등의 제조업을 영위하는 사업자로서, 2000년 과세연도 종합소득세 확정신고시 조세특례제한법 시행령 제6조에 의하여 중소기업에 대한 특별세액감면신청하여 신고ㆍ납부하였으나, 신고일 이후 매출에 대한 과소신고금액을 확인하고 2002. 01. 02. 국세기본법 제34조의 규정에 의하여 수정신고하였으며, 이때 과소신고금액에 대해서도 조세특례제한법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면 규정을 적용, 세액감면신청서를 첨부하여 세액감면신고하였고, 처분청은 청구인이 수정신고로 인한 추가납부세액을 납부하지 아니하여 2002. 03. 02. 무납부고지하였음이 국세청전산자료 및 신고서 등 관련서류에 의하여 확인된다.

 

(2) 처분청은, 청구인이 2000년 과세연도 종합소득세 확정신고시 조세특례제한법 제7조의 규정에 의하여 중소기업에 대한 특별세액감면 신고하여 감면받은 세액에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없으나, 수정신고시 과소신고금액에 대한 추가감면 받은 쟁점감면세액에 대하여는 감면배제하고 과세하였음이 결정결의서 등 관련서류에 의하여 확인된다.

 

(3) 처분청이 수정신고를 한 경우에 과소신고금액에 대한 중소기업 특별세액감면을 배제한 처분이 정당한 지를 살펴보면,

첫째, 청구인은 2000년 과세연도 종합소득세 확정신고시에 적법하게 중소기업에 대한 특별세액감면신청하여 신고ㆍ납부하였고, 매출신고누락에 대한 수정신고시에도 감면신청서를 첨부하여 과소신고금액에 대한 중소기업 특별세액감면을 적법하게 신고하였으며, 처분청은 수정신고로 인한 추가납부세액에 대하여 청구인이 납부하지 않아 무납부 고지하였으나, 이로 인하여 수정신고의 효력에는 변함이 없다 할 것이고,

둘째, 처분청은 수정신고한 과소신고금액에 대하여 중소기업 특별감면세액을 추가감면한 것이 조세특례제한법 제128조의 규정에 의거 감면배제해야 한다고 주장하나,

동 규정에 의하면, 과세관청이 소득세법 제80조 제1항 및 제2항 규정에 의해 결정 및 경정할 때나, 납세자가 국세기본법 제45조의3 규정에 의해 기한후 신고하는 경우에는 중소기업에 대한 특별세액감면이 배제되나, 이건 심사청구의 경우와 같이 국세기본법 제45조의 규정에 의한 수정신고의 경우에는 감면배제 규정에 해당하지 아니한다 할 것이다.(같은 뜻 : 제조예 46019-88, 2003.03.29.)

따라서, 처분청이 수정신고한 경우에 과소신고금액에 대하여 쟁점감면세액을 배제하여 과세한 이건 부과처분은 부당하다고 판단된다.

 

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장에 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

 

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