사업자단위 과세 사업자의 공통매입세액 안분계산 방법

＃ 부가, 서면-2017-부가-1499 [부가가치세과-1857] , 2017.07.30

 

[ 제 목 ]

공통매입세액 안분계산 방법

 

[ 질 의 ]

당사는 전국에 별도의 물류센터와 여러 개의 단체급식 사업장을 운영 중이며 각각 사업자등록을 하고 본사에서 총괄납부함

물류센터는 협력업체에서 식자재를 일괄 구입, 제3자에 판매하거나 각 단체급식 사업장에 내부 이동하여 급식 원재료로 사용 중임

협력업체에서 구입한 식자재 중 일부는 산지 및 매출처와의 접근성, 물류센터 보관 공간의 협소 등의 이유로 외부 창고업체에서 위탁보관하고 있으며 외부창고는 위탁보관을 하는 장소이므로 별도의 사업자등록 없이 물류센터의 사업자번호를 사용하고 있음

 

외부창고에서 보관한 식자재는 제3자에게 직접 판매하고 있으며 관련 과세표준 및 매출세액은 물류센터 사업자로 부가세 신고 납부

 

외부창고 식자재를 제3자에게 판매시 제3자가 자기 비용으로 창고에서 상품을 직접 수령하고 당사는 창고 위탁보관비용만 지급하고 있으며 재고 품목이 대다수 면세 품목이어서 당사가 부담하는 위탁보관비용 매입세액은 불공제 처리

 

부가세 신고시 물류센터 관련하여 발생한 과ㆍ면세 사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분 할 수 없는 매입세액(물류비, 용역비, 자산, 지급수수료 등 물류센터 운영에 관련된 일체 비용)은 당해 물류센터에서 제3자 또는 각 단체급식 사업장에 공급ㆍ반출한 원재료의 가액(매입원가)을 기준으로 하여 그 공통매입세액을 먼저 구분하고(1차 안분) 구분된 공통매입세액을 물류센터 또는 각 단체급식 사업장의과세사업과 면세사업의 공급가액 비율에 따라 안분계산(2차 안분)하고 있음

 

  매입원가 기준으로 1차 안분시 외부창고에서 반출한 원재료 가액은 제외하여 계산하나 제3자에 판매한 공급가액 과ㆍ면세 비율로 2차안분시 사업자등록번호 기준으로 물류센터의 공급가액뿐만 아니라 외부창고의 공급가액까지 가산한 전체 공급가액 금액으로 안분계산하고 있음

 

당사는 과ㆍ면세 겸영 사업자로서 물류센터의 공통매입세액 안분계산시 과세사업과 면세사업의 공급가액 비율을 계산하는 방법

 

(갑설) 매입세액의 실질 귀속 사업단위별 공급가액 기준으로 과ㆍ면세 비율을 계산함

 

(을설) 매입세액의 과세주체(사업자등록번호)단위별 공급가액 기준으로 과ㆍ면세 비율을 계산함

 

[ 회 신 ]

부가가치세법 시행령 제81조 공통매입세액 안분계산은 사업단위별로 세분이 가능한 경우에는 사업단위별로 구분하여 과세기간 단위로 계산하는 것임

 

기존해석사례(부가가치세과-1268, 2011.10.13)를 보내드리니 참조하시기 바랍니다.

 

＃ 부가가치세과-1268, 2011.10.13

사업자가 부가가치세가 과세되는 수종의 사업과 면세되는 수종의 사업을 겸업하는 경우에 있어서는 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속을 구분하여 계산하여야 하고 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 이를 안분계산하여야 하며, 이 경우 어느 과세사업과 면세사업만에 관련된 매입세액으로의 구분이 가능한 경우에는 그 공통매입세액에 관련된 사업단위별로 구분하여 안분계산하는 것임.

 

＃ 부가가치세법 제40조 (공통매입세액의 안분)

사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 공통매입세액 이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 공통매입세액 안분기준 이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

 

＃ 기획재정부 부가가치세제과-411, 2010.06.24

부가가치세법 시행령 제61조 공통매입세액 안분계산은 사업단위별 과세기간 단위로 계산하는 것이며, 같은 조 제3항에 따라 공통매입세액 안분계산을 생략할 수 있는지 여부도 같은 기준을 적용하는 것입니다.

 

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