대도시 지역의 임대사업용 부동산에 설치한 지점을 종전 사업장의 지점이전으로 볼 수 있는지 여부(경정)

대도시 지역의 임대사업용 부동산에 설치한 지점을 종전 사업장의 지점이전으로 볼 수 있는지 여부(경정)

[조세심판원 조심2010지0741, 2011.7.15, 기타]

【재결요지】

지점은 이 건 부동산의 임대관리를 행하기 위한 곳으로 실질적으로 행하는 업무 또한 다르므로 종전 지점을 이 건 지점으로 이전한 것으로 보기는 어려운바, 이 건 부동산에 지점을 새로이 설치한 것으로 보는 것이 타당함

【주문】

1.처분청이 2010.6.16. 청구법인에게 한등록세 160,840,000원,지방교육세32,168,000원, 합계 193,008,000원의부과처분(신고납부)은 OOOOOO OO 건축물 2,430.69㎡ 및 부속토지 595㎡ 중 지점으로 직접 사용하지 아니하는 부분에 대한 등록세 등은 과세대상에서 제외하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

【이유】

[관련법령]

지방세법 제138조【대도시 지역 내 법인등기 등의 중과】 / 지방세법시행령 제102조 【대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준】

[이 유]

1. 처분 개요

가.청구법인은 2008.7.25. OOOOO OOO OOO OOOOOO 소재건축물 2,430.69㎡ 및 부속토지 595㎡(이하 “이 건 부동산”이라한다)를취득한 후,일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 처분청에 신고납부하였다.

나.청구법인은 2010.5.19. 이 건 부동산에 지점(이하 “이 건 지점”이라 한다)이 설치되어이 건 부동산이 대도시내에서 법인의 지점설치에따른 등록세 중과세 대상에 해당한다고 보아 이 건 부동산의 취득가액4,021,000,000원을과세표준으로 하고 「지방세법」(2010.3.31.법률제10221호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조 제1항의중과세율을적용하여 산출한 세액에서 기 신고납부한 세액을 공제한등록세160,840,000원,지방교육세 32,168,000원, 합계 193,008,000원을2010.6.16. 처분청에 신고납부 하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2010.9.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)학교법인의 수익용자산은 대체취득에 한하여 매매 행위를 교육청에서 승인하므로 자의적으로 매매할 수 있는 성질의 것이 아니고,학교법인의 임대사업장은 개인이나 일반법인의 임대사업장 폐업과는 달리 사업장의 대체취득은 있을지언정 임의적인폐업은 있을수 없는바, 청구법인은 1970년대부터 OOO에 유일한 수익사업장을 설치하여 수익금을학교시설비 및 운영비로 전출 하여왔고,이 건 부동산의 취득 또한 학교법인인청구법인이종전사업장이매각되지않아 부득이하게 사업장을 이전할부동산을 먼저취득할 수있도록 수익용 자산간 대체승인을 받고, 곧이어 종전사업장을 매도하여 사업장을 이전한 것이고,

「부가가치세법」상 부동산임대사업자등록은 다른 업종의 사업자등록과는달리 부동산을 목적물로 하기 때문에 기존의 임대부동산을 매각하고다른 부동산을 취득하였을 경우 사업자등록의 이전이불가능하기때문에형식적으로 종전 사업장을 폐업하고, 이 건부동산에 새로운 사업장을신규등록한 것일 뿐 실질적으로는업종의 변경 없이,이 건 부동산의기존임차인도 모두 승계하였고, 종전 사업장의 상근직원 2명도그대로 옮겨왔으므로 종전지점을 이전한 것인바,

따라서, 이 건 부동산 취득에 따른 등기는 OOO OOO OOO OOOOOO에 설치되었던 종전 지점(이하 “종전 지점”이라 한다)설치일인1995.10.30.부터 5년이경과한 후, 기존임대사업장을 이전할 목적으로 대체취득하는 과정에서 발생한 부동산등기이므로 등록세 중과세 대상에 해당되지 아니함에도 처분청이이 건 부동산의 취득·등기에 대하여 새로운지점의 설치로 보아 등록세를 중과세함은 다른 업종의 지점이전과형평에맞지 않고 실질과세의 원칙에 위배되는 위법·부당한 처분이므로 취소되어야한다.

(2)설령, 이 건 부동산에 설치된 사업장을 새로운 지점의 설치로 본다고하더라도이 건의경우 지점설치일인 2010.5.19. 이전인 2008.7.25. 부동산을 취득하였고 임대사업자가 지점 설치 전에 임대하기 위하여 취득한부동산중 직접 임대 부동산관리를 위해 사용하는 부분이외에 임대용으로사용하기위한 부분은 등록세 중과세 대상이 아니므로이 건 부동산의 건물연면적 2,430.69㎡ 중 업무용(관리실)로사용되는 77.16㎡를 제외한 잔여 임대면적 2,353.53㎡에 대한 등록세는 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1)「지방세법」 제138조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제102조 제2항및 같은 법 시행규칙 제55조의2 각 규정에 의하면, 등록세의 중과세 요건인 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 부동산등기에있어서 지점또는 분사무소라 함은 「법인세법」·「부가가치세법」 또는「소득세법」의 규정에의하여 등록된 사업장으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사업이행하여지는 장소를 말하고, 여기서 ‘인적·물적설비를 갖추고 계속하여사업이 행하여지는 장소’라 함은 당해 법인의 지휘·감독 하에 영업활동내지 대외적인 거래업무를 처리하기 위한 인원을 상주시키고 이에 필요한 물적설비를 갖추었으며, 실제로 그러한 활동이 행하여지고 있는 장소를 말한다고 해석함이 상당할 것(대법원 1999.5.11. 선고 99두3188 판결 참조)인바,

청구법인이 2008.7.30. 이 건 부동산 소재지에 신규로 사업자등록을한 점,2010.5.19.부터 이 건 부동산에 종업원을 상주시키면서 국민연금, 건강보험, 고용보험 자격취득 신고한 점, 근로소득세 원천징수 신고를 이행한 점 등으로 볼 때, 청구법인이 「지방세법」상지점을 설치하였음이 분명하므로 이 건 지점의 설치가 새로운 지점의설치가 아니라는청구법인의 주장은이유 없으며, 종전 지점과이 건 지점은 사업자 등록번호가 틀린 별개의사업장으로서 종전지점 설치일인1995.10.30.로부터 5년이 경과한 후,지점이전 목적으로 취득하는 부동산등기라고 하는 주장도 이유 없다.

(2)또한, 이 건 등록세 중과세 처분은 대도시 내에서의 법인의 지점설치에 따른 부동산등기에 대하여 중과세 하는 과세요건인 대도시내에서의 부동산등기 및 이후 지점설치라는 등록세 중과세요건이성립되어 과세된 적법한 처분이라고 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1)대도시 지역의 임대사업용 부동산에 설치한 지점을 종전 사업장의지점이전으로 볼 수 있는지 여부

(2)지점설치 전에 취득한 부동산 중 지점 용도로 직접 사용하지 아니하는 부분에 대한 부동산 등기가 등록세 중과세 대상인지 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전문 개정되기 전의 것)

제138조(대도시 지역 내 법인등기 등의 중과) ① 다음 각호의 1에해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 「수도권정비계획법」제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

3. 대도시에서 법인의 설립(휴면법인을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

제150조의2(신고 및 납부) ② 등록세 과세물건을 등기 또는 등록한 후에 당해 과세물건이제138조의 규정에 의한 세율의 적용이 된 때에는 대통령령이 정하는 날부터 30일 이내에 제138조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.

(2) 지방세법 시행령(2010.9.20. 대통령령 제22395호로 전문 개정되기전의 것)

제102조 (대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준) ② 법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입이후5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점 등"이라 함은 행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

제104조의2(신고 및 납부기한 등) ② 법 제150조의2 제2항에서 “대통령령이 정하는 날”이라 함은 다음 각호의 날을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 경우에는 당해 사무소 또는 사업장이 사실상 설치된 날

나. 대도시안에서 법인의 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우

(3)지방세법 시행규칙(2010.12.23. 행정안전부령 제177호로 전문 개정되기전의 것)

제55조의2(사무소등) 영 제102조제2항 후단에서 "행정안전부령이정하는 사무소 또는 사업장"이라 함은「법인세법」·「부가가치세법」또는「소득세법」의 규정에 의하여 등록된 사업장(「법인세법」·「부가가치세법」또는「소득세법」의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장과 「부가가치세법 시행령」제6조의3에 따라 승인을얻은 사업자단위과세적용사업장의 종된 사업장으로 신고된사업장을 포함한다)으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는사업이행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음의 장소는 제외한다.(이하 생략)

(4) 부가가치세법

제4조(신고·납세지) ① 부가가치세는 사업장마다 신고·납부하여야 한다.

제5조(등록) ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업개시일 전이라도등록할 수 있다.

(5) 부가가치세법 시행령

제4조(사업장의 범위) ① 법 제4조제1항의 사업장은 사업자 또는그 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소로 한다. 다만, 다음 각 호의 사업에 있어서는 해당 호에 따른 장소를 사업장으로 한다.

4. 부동산임대업에 있어서는 그 부동산의 등기부상의 소재지.

 

다. 사실관계 및 판단

 

(1)청구법인과 처분청이 제출한 자료에 의하면 아래와 같은 사실을알 수 있다.

 

(가) 학교법인인 청구법인은 1955.6.10.주사무소를 OOOO OOO OOO OOO로 하여설립되었고,1995.10.30. OOOOO OOO OOOOOOOOO 소재 수익사업용 부동산(건물 1,953.19㎡, 토지 356㎡)을 취득하여부동산 임대업사업자 등록을 하였으며,2007.12.6.OOOOOOO으로부터 수익용기본재산(현금) 처분대체 허가(OOOOOOOOOOO)를 받아2008.7.26. 이 건 부동산을 취득한 후, 부동산 임대업 사업자등록을 하였고,2009.9.22.OOOOOOO으로부터 수익용기본재산처분 허가(OOOOOOOOOO)를 받아OOO OOO OOO OOOOOO 소재 임대사업용 부동산을 매각한 후,2010.5.19. 동 사업장을 폐업하였다.

(나) 또한, 청구법인은 2010.5.20. OOO OOO OOO OOOOOO 소재사업장의 종업원 5명에 대한 국민연금사업장, 건강보험직장, 고용보험피보험 자격상실 신고와 이 건 부동산소재를 사업장으로 종업원 4명에대한 국민연금사업장, 건강보험직장, 고용보험피보험 자격취득(자격취득일 : 2010.5.19.) 신고를 하였고,청구법인이 제출한 이 건 부동산의임대계약서 등에 의하면 청구법인은2010.6.1. 현재 이 건 부동산의 건축물2,430.69㎡ 중 관리실 77.16㎡를 제외한 2,353.53㎡를 임대하고 있는 것으로 나타난다.

(2)먼저, 쟁점(1)과 관련하여 이 건 지점의 설치가 지점이전에 해당하는지에 대하여 살펴본다.

「지방세법 시행령」 제102조 제2항 및 같은 법 시행규칙 제55조의2에서지점 등은 「법인세법」·「부가가치세법」또는「소득세법」의 규정에 의하여등록된 사업장으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다고 규정하고 있으므로 이 건 지점은 종전 지점과는 별개로 이 건 부동산에 새로이 등록된 사업장이므로 양 지점이 동일하다고 볼 수 없고, 이 건 지점과 종전 지점의 업종이 부동산 임대업으로 업종이 동일하다하더라도 종전 지점은 종전부동산의 임대관리를 행하던곳이고,이 건 지점은 이 건 부동산의 임대관리를 행하기 위한 곳으로 실질적으로 행하는 업무 또한 다르므로 종전 지점을 이 건 지점으로 이전한것으로보기는 어려운바, 이 건 부동산에 지점을 새로이 설치한 것으로 보는것이 타당하므로 이에 대한 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

(3) 다음으로, 쟁점(2)와 관련하여 이 건 부동산 중 지점 용도로 직접 사용하지 아니하는 부분에 대한 부동산 등기가 등록세 중과세 대상에 해당하는지에 대하여 살펴본다.

「지방세법 시행령」 제102조 제2항에서 법 제138조 제1항 제3호에서“법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 지점 등이 그 설치 이전에 법인의 지점 또는분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기를말하며, "그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입이후5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있어, 지점의 설치 이전에 취득하는 부동산은 지점의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산만을 중과세 대상으로, 지점 설치 이후에 취득하는 부동산은 일체의 부동산을 중과세 대상으로 명백히규정하고 있으므로 대도시내 지점 등의설치 이전에 지점 또는 분사무소의 용도로 취득하는 부동산의 등기는 지점 등의 용도로 직접 사용하는 부분에 대하여만 등록세를 중과세하여야 할 것이다.

그런데,청구법인의 경우 2010.5.19. 「부가가치세법」상의 규정에 의하여 등록된 사업장인 이 건 부동산에 인적·물적설비를 갖추어 지점설치가 이루어졌고, 이 건 부동산은 청구법인이 이 건지점 설치 이전인 2008.7.25. 취득하여 등기하였으므로 이 건 부동산의 등기는 대도시내 지점 등의 설치 이전에 지점 또는 분사무소의 용도로 취득하는 부동산의 등기에 해당하므로이 건 부동산 중 지점 용도로 직접 사용되는 부분에 대하여만 등록세를 중과세하여야 함에도 처분청이임대부분을 포함한 전체 부동산의 등기에 대하여 등록세를 중과세 세율로 신고납부토록 한 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

 

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및제3호에의하여 주문과 같이 결정한다.

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