연구인력개발비 세액공제 적용을 위한 감액경정청구와 조세불복 대행.

 

연구인력개발비 세액공제 적용을 위한 감액경정청구와 조세불복 대행

 

[안세회계법인 본사 박윤종 대표 공인회계사 작성]          www.taxpark.com    [무단전재. 무단복사금지]

 

1. 조특법 제10조(연구인력개발비 세액공제)의 현행규정의 일반 연구개발비 세액공제 내용

가. 당년도 연구인력개발비 발생액이 지난 4년간 평균금액을 초과하는 금액의 40%(중소기업은 50%)

나. 당년도 연구인력개발비 금액의 15%(중소기업은 25%)

다. 회사는 가와 나 중 큰 금액을 적용할 수 있으며,

     지난 4년간 연구인력개발비가 없으면 나방법(당년도 연구인력개발비의 15%, 25% 공제)만 적용한다는

     단서 규정이 신설됨.(2011년말)

 

2. 조특법 제10조의 2009년 전후의 규정내용(중소기업인 경우)

가. 당년도 연구인력개발비 발생액이 지난 4년간 평균액을 초과하는 금액의 50%

나. 당년도 연구인력개발비 금액의 25%

다. 회사는 가와 나 중 큰 금액을 적용하여 세액공제하며,

     지난 4년간 연구인력개발비가 없으면 나방법만 적용한다는 단서규정이 없었음.

라. 따라서 어떤 회사의 연구인력개발비가 2007년, 2008년, 2009년 등에 처음 발생된 경우 지난 4년간

     평균액은 “0”이며, 따라서 당년도 발생액 자체가 지난 4년평균액(0)의 초과액이 되므로 당년도 발생금액

     ×50%로 계산한 세액공제(가방법)가 당년도 발생금액×25% 세액공제금액(나방법) 보다 크며,

    회사는 연구인력개발비 발생 첫년도나 둘째년도 등에는 4년간 평균액(=거의 0임)의 초과액의 50% 방법

   (가방법)을 적용해도 문제 없음.

마. 예를 들어 갑회사의 2009년도 연구인력개발비가 처음으로 1억원 발생하면,

      지난 4년간 평균액이 “0”이므로 세액공제액은 1억원×25%=2,500만원 보다

      큰 1억원×50%=5,000만원으로 계산됨.

 

3. 그러나 많은 회사는 연구인력개발비가 처음 발생된 경우 지난 4년간 발생사실이 없어 초과액의 50%

    대신 당년도 처음발생액의 25%로 세액공제를 적용하여 신고해온 현실이며,

    이에 대해 기존의 국세청예규나 유권해석은 “직전년도 금액이 없는 경우 초과발생액은 없는 것으로”

    대부분 해석(기재부 조세특례과-832(2011. 9. 2), 재조예 46019-108(2002. 6. 21), 법인세과-1285(2009. 11.

    17)) 안내하여 왔으므로, 많은 납세자가 첫년도 발생액의 25%만 세액공제 신고하여 왔을 것임.

 

4. 연구인력개발비의 최초발생시 세액공제에 대해 초과액(최초발생액)×50%로 하는 것이 타당하다는

    대법원 판결(대법원 2009두22454, 2010. 4. 29)이 나왔었고,

    최근의 국세심판례(조심 2012중1516, 2012. 11. 7 이는 안세회계법인 본사의 세무사팀이 조세불복

    수행하여 환급결정 받음)도 이번에 확정되었음.

 

5. 2007년분(소급 5년 이내 가능)부터 2008, 2009, 2010년 등의 법인세 신고서를 재점검하여,

   연구인력개발비 처음 발생 또는 2년째 발생년도에 25%를 적용한 경우는 모두 해당액×50%를

   세액공제 적용하여 감액경정을 받도록 경정청구 수정신고하시고,

    이것이 거부되면 조세불복행정심판을 청구하시기 바랍니다  

  

    [ 대행문의 02-834-1119  ]