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원산지확인서 발급에 대한 세액공제 대상 원산지확인서는 공급가액의 합계액이 1천만원이상으로서 1천만원을 초과하는 수출재화에 대한 원산지확인서로 한정하는 것으로,
이는 부가가치세법 제11조 제1항 제1호에 따라 영세율이 적용되는 수출하는 재화를 공급한 경우에 공제를 하는 것으로 재화의 공급이 아닌 수입 물품에 대하여는 공제가 되지 않는 것입니다.
조세특례제한법 제106조의 8 【원산지확인서 발급에 대한 부가가치세 세액공제】
① 중소기업이 「부가가치세법」 제11조 제1항 제1호에 따라 영세율이 적용되는 수출하는 재화(이하 이 항에서 “수출재화”라 한다)를 공급하고, 그 공급일이 속하는 과세기간(같은 법 제3조에 따른 과세기간을 말한다)에 같은 법 제16조에 따른 세금계산서 및 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법령에 따른 원산지확인서를 그 수출재화를 공급받는 자에게 2013년 12월 31일까지 발급하는 경우에는 원산지확인서 발급 건수에 따라 대통령령으로 정하는 금액(이하 이 조에서 “공제세액”이라 한다)을 해당 과세기간의 부가가치세 납부세액에서 공제할 수 있다.
이 경우 세액공제 대상 원산지확인서는 「부가가치세법」 제13조에 따른 공급가액의 합계액이 1천만원 이상으로서 대통령령으로 정하는 금액을 초과하는 수출재화에 대한 원산지확인서로 한정한다. (2011. 12. 31. 신설)
② 제1항을 적용할 때 공제세액은 대통령령으로 정하는 금액을 한도로 하며, 공제세액이 그 금액을 차감하기 전의 납부할 세액[이 법, 「부가가치세법」 및 「국세기본법」에 따라 빼거나 더할 세액(「부가가치세법」 제22조 및 「국세기본법」 제47조의 2부터 제47조의 4까지의 규정에 따른 가산세는 제외한다)을 빼거나 더하여 계산한 세액을 말하며, 그 계산한 세액이 음수(陰數)인 경우에는 “0”으로 본다]을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분은 없는 것으로 본다. (2011. 12. 31. 신설)
③ 제1항에 따른 세액공제를 받으려는 중소기업은 「부가가치세법」 제18조 및 제19조에 따른 신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 원산지확인서 발급세액공제신고서를 제출하여야 한다. (2011. 12. 31. 신설)
조세특례제한법시행령 제106조의 12 【원산지확인서 발급에 대한 부가가치세 세액공제】
① 법 제106조의 8 제1항 전단에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 1만원을 말하고, 같은 항 후단에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 1천만원을 말한다. (2012. 2. 2. 신설)
② 법 제106조의 8 제2항에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 연간 30만원을 말한다. (2012. 2. 2. 신설)
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