비영리법인의 고정자산처분시 양도소득세 납부의무?

 

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*(법인-150, 2011.02.25)

【제목】

법인으로 승인을 받은 종중이 고정자산을 처분함으로 인하여 발생한 수입에 대하여는 법인세를 납부할 의무가 있는 것이나

3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산인 경우 각 사업연도 소득에 대한 법인세가 과세되지 않음

【질의】

(사실관계)

o 甲종중은 2009.6.2. 법인으로 보는 단체로 승인을 받고 고유번호증을 수령하였으며, 2010.12.20. 토지와 제실, 비석, 관리사, 조경수 등이 한국토지주택공사에 수용되었으며, 2010.12.20. 일부는 현금 수령하고 일부는 2011연도에 채권으로 수령함.

* 토지는 다수 필지로 이루어져 있으나, 연접하여 한 울타리에 있음.

(질의요지)

[질의1] 甲종중의 수용된 부동산 양도소득에 대한 납세의무를 법인으로 이행하여야 하는지.

[질의2] 제실부분 등 고유목적사업용 자산을 제외하고 소득세법을 준용하여 법인세를 신고납부할 수 있는지.

[질의3] 각사업연도 소득으로 법인세를 신고하는 경우 지장물보상가액, 이전비용이 포함되는지.

[질의4] 동일 과세기간 내에 수용된 여러필지의 부동산 양도소득을 필지별로 선택하여 각사업연도 소득 또는 소득세법을 준용하여 신고할 수 있는지.

[질의5] 2010사업연도에는 각 사업연도 소득, 2011사업연도에는 소득세법을 준용한 방법을 적용할 수 있는지.

[질의6] 제실이 소재하는 필지와 함께 한 울타리 안에 있는 관리사 등이 소재하는 다른 필지를 고유목적사업용 자산으로 볼 수 있는지.

【회신】

1. 「국세기본법」 제13조 제2항에 따라 법인으로 승인을 받은 종중이 고정자산을 처분함으로 인하여 발생한 수입에 대하여는 법인세를 납부할 의무가 있는 것이나, 동 고정자산이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업은 제외)에 직접 사용한 고정자산인 경우 각 사업연도 소득에 대한 법인세가 과세되지 않는 것임. 이 경우 법인세가 과세되지 않는 고정자산에 대하여는 「법인세법」 제62조의2 규정에 의한 소득세법을 준용하여 계산한 법인세를 별도로 납부할 필요가 없는 것임.

2. 「법인세법」 제62조의2제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도소득 계산에 대한 특례는 같은 항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 적용하는 것이므로 동일 과세기간에 속한 양도부동산에 대하여 필지별로 선택하여 적용할 수 없는 것임.

3. 비영리내국법인이 직전 사업연도에 각 사업연도에 대한 소득으로 법인세를 납부하였더라도 그 다음 사업연도에 속하는 양도자산에 대하여는 「법인세법」 제62조의2 규정에 따라 소득세법을 준용하여 계산한 방법으로 법인세를 납부할 수 있는 것임.

4. 「법인세법 시행령」 제2조 제2항에 의한 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용한 고정자산에 해당하는지는 실제 사용용도, 사용기간, 사용면적 등을 감안하여 사실판단할 사항임